پزشک معالج بر اساس علائم بیمار داروهای مختلفی ممکن است تجویز کند. اسفرزه به صورت پودر یا دانه در همه بیماران به خصوص آنهایی که اسهال و یبوست متناوب دارند، مفید است. گاهی سبوس گندم تجویز می شود. داروهایی مانند کلیدینیوم سی موقتا برای کنترل دل درد عصبی تجویز می شود. گاها داروهای ضدافسردگی برای کمک به درمان کولیت عصبی به مقدار کم تجویز می شود. در این بیماری اسهال هیچ گاه خونی نیست. کولیت عصبی به جراحی نیازی ندارد.